يشرف على إدارة المؤسسة مجلس  إداري ويسيرها محافظ يساعده كاتب عام. 

(المادة 3 من الظهير الشريف)

يعين رئيس المؤسسة من طرف جلالة الملك ويتألف مجلس إدارتها من الأعضاء التالي بيانهم أو ممثليهم: (المادة 3 من الظهير الشريف)..

  • السلطة الحكومية المكلّفة بالداخلية،
  • السلطة الحكومية المكلّفة بالأوقاف والشؤون الإسلامية،
  • السلطة الحكومية المكلّفة بالمالية،
  • السلطة الحكومية المكلّفة بالثقافة،
  • السلطة الحكومية المكلّفة بالتجهيز،
  • السلطة الحكومية المكلّفة بالسياحة والصناعة التقليدية،
  • السلطة الحكومية المكلّفة بالتربية الوطنية والتعليم العالي،
  • والي جهة الدار البيضاء الكبرى، عامل عمالة الدار البيضاء،
  • عامل عمالة مقاطعات الدار البيضاء- أنفا،
  • رئيس المجلس العلمي المحلي لعمالة مقاطعات الدار البيضاء- أنفا،
  • رئيس المجلس الجماعي للدار البيضاء،
  • رئيس مجلس جهة ولاية الدار البيضاء الكبرى،
  • رئيس مجلس عمالة الدار البيضاء،
  • مدير الوكالة الحضرية للدار البيضاء،

كما يمكن للمجلس الإداري الاستعانة بأي شخص، بصفة استشارية، للاستفادة من خبرته.

يتمتع المجلس بجميع السلط والاختصاصات اللازمة لإدارة المؤسسة (المادة 5 من الظهير الشريف)

ولهذه الغاية، يقوم المجلس على الخصوص بما يلي:

  • تحديد التوجهات العامة للمؤسسة واتخاذ كل القرارات الضرورية لتنفيذها؛
  • وضع برنامج عمل المؤسسة؛
  • حصر ميزانية المؤسسة و حساباتها؛
  • تحديد الهيكل التنظيمي للمؤسسة ؛
  • وضع النظام الداخلي المتعلق بسير المؤسسة؛
  • تحديد تعرفة الزيارات والخدمات؛
  • إعداد النظام الأساسي للمستخدمين.

كما يرفع المجلس الإداري إلى جلالة الملك تقريرا حول أنشطة المؤسسة في 30 يونيو من كل سنة على أبعد تقدير.

يجتمع المجلس بدعوة من رئيسه كلما استوجبت ذلك حاجات المؤسسة، وعلى الأقل مرتين في السنة (6المادة ).

ويشترط لصحة مداولاته حضور ما لا يقل عن نصف أعضائه أو ممثليهم. وتتخذ القرارات بأغلبية أصوات الأعضاء الحاضرين أو الممثّلين. وفي حال تعادل الأصوات، ترجّح كفّة صوت الرئيس. كما تحرر محاضر بشأن مداولاته.

ويمكن للمؤسسة أن تفوض، مهام إدارة مسجد الحسن الثاني والمحافظة عليه وصيانته كلا أو بعضا عن طريق التعاقد، بعد موافقة مجلس المؤسسة. (المادة 7).

يسير المؤسسة محافظ يعين من لدن جلالة الملك، ويساعده كاتب عام وكاتب عام مساعد وأمين عام للصندوق وأمين عام مساعد للصندوق (المادة 8).

يسيّر المحافظ المؤسسة ويتصرف باسمها ويقوم أو يرخّص للقيام بجميع الأعمال أو العمليات المتعلقة بغرضها، ويمثل المؤسسة أمام القضاء وإزاء الدولة وكل الإدارات العامة أو الخاصة وجميع الأغيار، كما يقوم بجميع الإجراءات المتعلقة بالمحافظة على المسجد ومرافقه . وفي إطار مهام المحافظ ومساعديه: (المادة 9).

  • يقترح المحافظ جدول أعمال جلسات المجلس
  • يمكن للمحافظ أن يفوض جزءا من سلطه إلى الكاتب العام.
  • إذا تغيب المحافظ أو عاقه عائق، قام مقامه الكاتب العام.
  • ينفذ الكاتب العام قرارات المجلس ويتولى مهام كتابته ويسهر على حسن سير إدارة المؤسسة، ويعد تقريرا سنويا عن أنشطتها وسير أعمالها، ويرفعه إلى المجلس.
  • يمسك الأمين العام للصندوق حسابات المؤسسة ويقوم بتحصيل مداخيلها وصرف نفقاتها ويسلم وصلا عن جميع السندات أو المبالغ التي تم تسلمها.
  • يقدم الأمين العام للصندوق تقريرا ماليا إلى المجلس كل سنة.